L'IgA-S joue un rôle crucial dans la symbiose entre l'hôte et son microbiote en influençant à la fois le microbiote et le système immunitaire intestinal. Son action modulatrice s'exprime à travers divers mécanismes, notamment l'exclusion immune et la capture des bactéries commensales, la médiation immunitaire et la protection contre les agents pathogènes. Les IgA sécrétoires doivent être considérées comme un facteur important de la fonction barrière.